经济补偿是按应发工资计算，而不是按实发工资计算。
劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。故应当是应发工资
劳动者的以下劳动收入不列入经济补偿金基数的范围：
(1)劳动保护费用，如工作服、解毒剂、清凉饮料费用等;
(2)按规定未列入工资总额的各种劳动报酬及其他劳动收入，如创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖、合理化建议和技术改进奖、中华技能大奖等，以及稿费、讲课费、翻译费等。
二、不应支付经济补偿金的情形有：
按照有关规定，用人单位可以不向劳动者支付经济补偿金的情形包括：
1、劳动者主动提出解除劳动合同，或者用人单位提高劳动合同工资待遇但劳动者不愿意续签的，用人单位可以不支付经济补偿金。
2、劳动者在劳动合同期限内，由于主管部门调动或转移工作单位而被解除劳动合同，未造成失业的，用人单位可以不支付经济补偿金。
3、由于劳动者的过失，根据《劳动合同法》第39条所述，用人单位可以单方解除劳动合同，并且可以不支付经济补偿金。
经济补偿金的支付，首先要求符合法定的情形，否则的话用人单位是有拒绝支付的权利。比如说，由劳动者主动提出解除劳动合同的时候，这种情况下最终双方解除了劳动合同，但是用人单位也不需要向其支付经济补偿金。而单位按照《劳动合同法》第39条的情形解除劳动者的，也并不需要支付经济补偿金。
法律依据
《劳动合同法实施条例》
第二十七条 劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。
